福清市博物馆设下列内设机构：

一、办公室

负责文秘和综合协调工作，负责制度设置和督查工作；负责人事工作；负责档案管理工作；负责财务、资产管理工作；负责后勤保障工作；负责会务、接待和外事工作；负责文创经费的编制、收支管理工作；负责文创活动的市场运营；完成馆领导交办的其他工作任务。

二、藏品陈列部

负责馆藏品库房的管理工作；负责馆藏文物的日常保养工作；负责馆藏文物的档案管理工作；负责展览计划拟定、策展、落实工作；负责布、撤展的具体实施；负责展陈物品的制作、保管工作；负责展陈档案管理工作；负责编撰出版与展览相关的图书资料；完成馆领导交办的其他工作任务。

三、宣传教育部

负责全馆展区管理和对外接待服务工作；负责展览的导览与讲解工作；负责大型活动和展览相关活动的策划和实施；负责组织与展览内容相关的专题讲座；负责“博物馆之友”及志愿者管理工作，组织相关活动和服务工作；负责媒体宣传的策划实施工作；负责开展观众调查、参观情况研究工作;开展社会教育工作；完成馆领导交办的其他工作任务。

四、文创科研部

负责历史文物、资料的鉴定和征集工作；负责文物保护和科研计划的拟定落实；负责全市文物保护、考古资料的收集、研究；开展考古、博物馆等课题研究、学术交流与学术出版等工作；负责拟定、实施文创产品的研发计划并落实；负责文创人员、场地、物资等的管理工作；完成馆领导交办的其他工作任务。

五、安全保卫部

负责安全保卫工作制度制订并予以落实；负责本馆社会治安综合治理工作；负责人防、物防、技防、消防工作；负责保安队伍的管理工作；负责全馆各区域要害部位备用钥匙的管理工作；负责文物（展品）的安全押运工作；负责安全保卫工作资料管理；完成馆领导交办的其他工作任务。